یکی دیگر از خدمات ارزنده و قابل توجه و همچنین تخصصی ثبت ملاصدرا، ثبت شرکت دانش بنیان می باشد. می توان روند ثبت شرکت های دانش بنیان را به اختصار اینگونه بیان کرد:

دانشگاه­‌ها و واحدهای پژوهشی پس از تصویب امکان تاسیس شرکت­‌های دانش­‌بنیان در آیین­‌نامه­‌ی مالی و معاملاتی خود در هیات امنا، می­‌توانند شروع به تشکیل شرکت­‌های دانش­‌بنیان نمایند. هر شرکت دانش­‌بنیان به پیشنهاد تعدادی از اعضا­ی هیات علمی و تصویب دانشگاه یا واحد پژوهشی تاسیس خواهد شد و یا توسط دانشگاه و واحد پژوهشی به اعضا­ی هیات علمی پیشنهاد می­‌شود.